PFC滤波电容器的工作原理可以分为两个部分：PFC电路的工作原理和滤波电容的工作原理。

PFC电路的工作原理：
PFC电路的全称是有源功率因数校正电路，它的作用是提高电源的功率因数。在传统的电源设计中，输入交流电源经过整流器后，输出的是脉动直流电，这种脉动直流电含有大量的谐波成分，对电网和用电设备都会造成严重的危害。而PFC电路的作用就是通过校正电路来改善输入电流的谐波成分，提高电源的功率因数。

PFC电路通常由桥式整流器、电感、电容等元件组成。桥式整流器可以将输入交流电整流成脉动直流电，电感的作用是将脉动直流电转换为近似直流电，电容的作用则是储存电能并滤除其中的高频噪声。PFC电路通过控制桥式整流器中的开关管的导通时刻，使得输入电流呈现近似正弦波的形状，从而提高了电源的功率因数。

滤波电容的工作原理：
滤波电容是PFC电路中的重要元件之一，它的作用是将整流后的脉动直流电滤波成平滑的直流电。滤波电容通常采用大容量的电解电容或者薄膜电容等类型。当脉动直流电通过滤波电容时，其中的高频噪声会被电容滤除，而平滑的直流电则可以通过电容输出。

在PFC电路中，滤波电容的容量和耐压值都会影响电源的稳定性和可靠性。容量越大，滤波效果越好；耐压值越高，能够承受的电压就越大。因此，选择合适的滤波电容对于保证电源的稳定性和可靠性至关重要。

综上所述，PFC滤波电容器的工作原理是通过PFC电路来改善输入电流的谐波成分，提高电源的功率因数，并通过滤波电容将整流后的脉动直流电滤波成平滑的直流电。